MyScriptsにはソースコードをそのままHTMLとして出力する# HTMLという命令があります。
https://itunes.apple.com/jp/app/myscripts/id492086539?mt=8&uo=4&at=11lqq9
しかしそのHTML内のスクリプトで出たエラーはデバッグ画面に出力されません。
そこで以下のようなスクリプトをHTML本体に埋め込んで使っています。
<script> window.onerror = function (msg, file, num) { alert('[' + num + '] ' + msg); location.href = 'myscripts://moveCursorTo?line=' + num; } </script>
不正が含まれそうなスクリプトの前に埋め込んでおくと実行した時にアラートが出て該当行へ移動します。